Кафедра урологии, оперативной хирургии и дерматовенерологии был создан 2001году на базе медицинского факультета по приказу №14 ректора ОшГУ. В данной кафедре работают 1 доктор медицинских наук, профессор, 2 кандидата медицинских наук, 1 старший преподаватель и 7 преподавателей. Кафедру с 2001г. по 2009годы первым, возглавил д.м.н., профессор Эсекеев Б.С.Под его руководством создано материально-техническая база кафедры, налажены научные связи с научными центрами урологии Казахстана, Узбекистана и России. 2009г.в октябре месяца заведующим кафедрой был назначен к.м.н. Матазов Б.А. На кафедре ведутся занятия по предмету урология, андрология, оперативная хирургия, клиническая фармакология и дерматовенерология специальностям лечебное дело, педиатрия и стоматология медицинского факультета. На кафедре ведется научная работа по теме “Влияние экологических, инфекционных и региональных факторов на возникновение урологических заболеваний и их лечение». Под руководством д.м.н. профессора Б.С.Эсекеева 2 сотрудника кафедры Матазов Б.А. и Жунусов А.Т. защитили кандидатские диссертации по теме: «Хирургическое лечение почечно-каменной болезни и ее реабилитация с применением минеральной воды «Кара-Шоро» и «Развитие и внедрение чрескожных малоинвазивных вмещательств при лечении гнойно-деструктивных заболеваний почек и околопочечных клетчаток» Сотрудниками кафедры опубликовано более 100 научных статьей, 1 монография, 3 патента на изобретения, 3 рационализаторских предложений и 5 методических рекомендаций. На кафедре функционирует научные кружки «Эскулап» и «Интеллект», которыми руководят преподаватели Бурканов А.Э.,
Атабаев Т.К., Ажикулова В.С. и Ураимова К.Р.Профессорско-преподавательский состав кафедры активно участвует на республиканских, международных семинарах, конференциях и сьездах. 2011г. на 1-сьезде урологов Таджикистана профессор Эсекеев Б.С. за вклад науки Таджикской Республики награжден серебряным знаком, выпущенный 20-летнему юбилею независимости Таджикской Республики. Матазов Б.А., Жунусов А.Т., Шарипова М.А., Айыков И.К. получали нагрудной знак отличника здравоохранения Кыргызской Республики. В настоящее время сотрудниками кафедры для повышения знаний студентов, занятия проводиться с применением высокой технологии обучения. Кафедра поддерживает научные связи с Кыргызской Государственной Медицинской Академией, Кыргызко-Российским Славянским Университетом и Алматинским Государственным Университетом, проводя совместные научные исследования.